4.15.2007

Problemas con roedores, edición 2007




El año pasado reporte como el usar trampas de pegante habia sido una experiencia traumatica y llena de angustia. Ver a un animal retorcerse de dolor y morir en una trampa de pegante no es agradable y puede tacharse de inhumano. Es por eso que en esta época de roedores utilizé trampas humanas. Se pueden conseguir a través de AbundantEarth o cualesquiera de los otros sitios que las ofrecen en internet. Las trampas que instale atraparon 2 roedores en menos de 10 horas, y los libere en un parque al norte de la ciudad en menos de 45minutos. Sin producir traumatismos a los animales o a mi. Recomendadas.



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3.27.2007

Mac? No, gracias.



Hace menos de 2 meses compre un Macbook con un procesador Intel T7400 (2.0Ghz L2-4MB), 1G, HD-80G, DVD-RW+/- y en general todo lo que trae un computador de los ultimos 2 meses. Me deje llevar hacia Mac por la gran cantidad de profetas que conozco (algunos amigos otros solo conocidos), que promueven Mac como si fuera una religion. Pero si bien el punto no es criticar a los profetas, la idea es hablar un poco del hardware y del sistema operativo como tal. Este review fue tras solo dos meses con la maquina y por tanto mucho de los inconvenientes que tuve con la misma los atribuyo a ignorancia de mi parte, sin embargo estoy viejo, ocupado y el cambio solo limito mi productividad.

Un vistazo rapido al hardware



Aunque la maquina trae hardware ligeramente reciente, hay que ser precavidos con la calidad y las limitaciones que impone tener una maquina con el sello de Apple. Primero este pedazo de maquina solo soporta memoria hasta 2G usando el mismo chipset que muchos otros laptops que soportan hasta 4G. Es una limitacion de disenho y esta asociada con el firmware de Mac. Muchos diran que es una limitacion justificada, dado que nadie va a tener un laptop con 4G. Yo opto por verlo de otra forma: esta es solo una de las muchas limitaciones que tienen estos aparatos y es por supuesto la mas evidente en terminos de chipset/firmware. Argumentar que es una diferencia entre los Macbook Pro y los regulares solo lleva a evidenciar las ambiciosas politicas de esta empresa.

En cuanto a almacenamiento, el disco duro de mayor velocidad que soporta es de 5400RPM aun cuando usa discos de 2.5. Tambien, esta maquina es posiblemente la peor en terminos de consumo de energia. Para un computador con una pantalla de 13" una autonomia de 2.3hrs es simplemente risible y decepcionante. El teclado es un desastre y tiene menos teclas que cualquier otro teclado. El mouse de un boton ha sido altamente criticado y no voy gastarme diciendo cuando molesto es de usar. No incluye un puerto PCMCIA, lo cual es en parte irrelevante pues cuenta con dos puertos USB2.0 y Firewire, lo cual sin embargo me parece poco para una maquina de 13" y 4.7lbs. Lo que nos lleva a que este computador es pesado, 4.7lbs para 13" es considerablemente pesado. El wireless es muy barato, la recepcion es pesima comparada con otros portatiles. El bluetooth hace un buen trabajo y no tengo quejas.

Lo bueno: La salida DVI es posiblemente lo mas interesante de este aparato, asi como la salida/entrada de audio optico.

En general: la calidad del hardware es decepcionante, o mejor este es un computador barato empacado en un estuche de lujo.

Una mirada a OS-X



Existen miles de reviews de OS-X y la mia obviamente no sera la mas completa. Sin embargo he trabajado en linux por mas de 11 años y use windows los 6 años anteriores, por lo cual considero mi opinion como un usuario comun puede ser valida. Lo primero que note es que el GUI es bastante agradable, miles de transiciones, efectos y toda esa serie de adornos que hacen de un GUI agradable.Sin embargo no soporta cosas basicas de otros WM como: Focus follows mouse y la memoria del raton. Tambien el soporte de multiples escritorios en maquinas Intel no es soportado por software libre (si para PPC), a si que si quiere multiples escritorios debe pagar USD45 o esperar por Leopard.

En cuanto al core de OS-X, puedo decir como muchos dicen que es un UNIX bastardo; hijo del kernel de Mach pero con muchas mas limitaciones. No es sys-v no es BSD. Las aplicaciones estan en directorios extranhos(intente configurar la red wireless por linea de comando) y el sistema de archivos no diferencia mayusculas de minusculas aunque las preserva(es una opcion y puede ser habilitado pero el sistema mismo tiene problemas de compatibilidad). Tambien el sistema de indices que maneja hace que manejar un gran numero de archivos(del orden de 10^5) sea lento y lleno de overhead. El sistema de ports darwin, esta descontinuado fue dado de baja por el poco interes de Mac en este, de nuevo evidenciando la actitud de esta compania. Fink esta bien soportado para PPC pero no para Intel. Muchos del source code que se baja de internet no compila directamente y por supuesto muchas aplicaciones no se pueden usar. Las terminales disponibles son altamente experimentales y se quiebran cuando uno esta trabajando.

A manera mas personal, he usado Linux Slackware desde la version 3.0 hasta la 11.0 (mi workstation usa 10.2). Recompilar kernels es uno de mis oficios favoritos. No poder hacer esto en Mac es una de las situaciones mas decepcionantes y genera un sentimiento de limitacion que no sentia desde que usaba windows hace 12 años. Muchos podrian decir que el hardware de OS-x es totalmente funcional, bueno en mi anterior VAIO T-350p tenia la misma funcionalidad y mucha mas maquina.

Lo mejor: Mach Kernel, necesito decir algo mas?

Lo peor: Plataforma Intel aun en desarrollo, serias limitaciones frente a las posiblidades en PPC.Darwin ports descontinuado. Fink pobremente mantenido para Intel. Los compiladores de Intel no son gratis para OS-X, toca pagar una licensia o usar el demo.

En general: Un sistema operativo no estandar, cerrado y rapido. No comento sobre seguridad y estabilidad, pues hoy en dia todos cumplen este requisito (asi sea incluyendo software de terceros).

Aplicaciones varias



Safari, posiblemente el navegador menos usado en estos dias. Tiene problemas 'rendering' *muchas* paginas.Comparado con Firefox no es mas que un producto barato. Quize buscar una alternativa para firefox, pero el mismo navegador me forzo a volver. En general Mac es un buen computador para hacer cosas poco productivas, como subir fotos editar videos y quemar DVDs. Aparte de eso, es mas bien una carga. Adicional a la pantalla mi configuracion incluye un monitor de 22", intentar mantener muchas terminales abiertas(del orden de 30) puede ser todo un reto sin escritorios y focus follows mouse,(si, conozco Expose, no ayuda).

Lo mejor: manejo de videos/fotos.
Lo peor: manejo de multiples ventanas.
En general: se puede vivir en este entorno.

Conclusion



Mac hace su trabajo vendiendo este computador. El computador tiene lo suyo es interesante y puede ser utilizado para todo tipo de trabajos. No voy a demeritar el gran trabajo que ha hecho Mac vendiendo esta maquina, pero si voy a criticar la estrategia de venderlo como una maquina superior a un PC regular. No voy a comentar sobre el precio, pues me parece que a la larga el precio esta bien, solo que yo necesito algo diferente. Por esto he decidio venderlo y regresar a mi viejo Slack en forma de un IBM X60 que ya ordene. Si todo sale bien, nunca veran el review.

NOTA: Los signos diacriticos han sido omitidos de manera deliberada.

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9.11.2006

Tres lineas ...


Para el record:



  • Facebook ahora acepta correos @unal.edu.co y correos de algunas instituciones en Colombia.

  • Mi advisor me va a comprar un PS3 para jugar con el Cellprocessor.

  • Mix-match proteins

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8.09.2006

EL viejo dilema del GOTO, reparando radios y 'hello world'








To use or not to use the GOTO statement: Programming styles viewed from Hoare Logic
Desde siempre ciertos estilos de programación han sido criticados, menos preciados e incluso se han mal interpretado. Sin embargo las metricas para medir que tan bueno es un estilo ha sido mas bien poco estudiado y la mayoria de apreciaciones frente a ciertos estilos no pasan de juicios o apreciaciones subjetivas de unos cuantos gurus. Desde la famosa carta de Dijkstra al editor de CACM en 1968 el debate sobre el uso de GOTO ha sido activo y finalmente se ha convertido en un tema aburrido. La principal objecion siendo el llamado "efecto espagueti", programas secuenciales en los que se pierde el rastro de lo que se esta haciendo. En este paper se trata este viejo problema, entendiendo por GOTO cualquier tipo de salto incluyendo exit y break. El paper es "ladrilludo" y requiere conocimiento de la logica de Hoare. Se aplican las pruebas de Hoare para verificar el uso de GOTO en dos situacines: 1. para salir de ciclos anidados y 2. para expresar transiciones de estado en programación a traves del modelo de maquina de estados finitos. En ambos casos los resultados justifican el uso del GOTO. Teniendo en cuenta la rigurosidad de las pruebas de Hoare sin lugar a dudas un paper para tener presente a la hora de escribir unas cuantas lineas de código, en especial si algún guru cerca a usted sigue pensando que: Programación estructurada = Programación sin GOTO.




Can a biologist fix a radio?—Or, what I learned while studying apoptosis El temor a que todo fuera publicado antes de tener la oportunidad de montar su propio laboratorio llevo al Dr. Yuri Lazebnik a escribir este interesante paper. De alguna manera todos los que trabajamos en ciencias, en particular en campos activos donde trabaja un buen numero de personas alguna vez sentimos esa sensacion de: todos publican, menos yo. La apoptosis o muerte celular es un campo de activa investigación en la mayoría de centros alrededor del planeta, esto es porque la apoptosis se cree esta ligada directamente con el cancer y de entenderla completamente algunos piensan en la aparicióon de una cura que generaria billones en ganancias. Con 10,000 papers publicados al año es fácil entender porque cualquiera que este empezando en este campo se sentiria un poco afanado y porque no, desmotivado. Haciendo una analogía de la célula con un radio común (un transductor de señales), el Dr. Lazebnik busca entender como los biologos han estado estudiando durante los ultimos años y trata de mostrar como multiples errores se han venido cometiendo. En particular el escaso uso de modelos fisicos/matematicos para explicar ciertos procesos celulares. Por ejemplo, el analisis de señales tan comun en ingenieria apenas se empieza a aplicar en las areas biologicas. Tambien con esta analogia muestra como un gran número de publicaciones en un campo en particular no significa que halla progreso.


"Hello World"

Es practica común en programación escribir un pequeño programa para iniciarse en un lenguaje. Usualmente se refiere a este programa como 'Hello World'. En el link anterior se encuentra una lista muy divertida con programas de este tipo. De la lista en particular me gustan los siguientes(en especial 'Chief Manager', siento como si lo estuviera viendo tipear):


High School/Jr.High
10 PRINT "HELLO WORLD"
20 END
First year in College
program Hello(input, output)
begin
writeln('Hello World')
end.
Senior year in College
(defun hello
(print
(cons 'Hello (list 'World))))
New Manager
10 PRINT "HELLO WORLD"
20 END
Middle Manager

mail -s "Hello, world." bob@b12
Bob, could you please write me a program that prints "Hello, world."?
I need it by tomorrow.
^D
Senior Manager
% zmail jim
I need a "Hello, world." program by this afternoon.

Chief Executive

% letter
letter: Command not found.
% mail
To: ^X ^F ^C
% help mail
help: Command not found.
% damn!
!: Event unrecognized
% logout

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7.12.2006

Top five science blogs & Sociologist fools physics judges



- Sociologist fools physics judges



Sociologist fools physics judges: Un conjunto de 7 preguntas con 2 respuestas por cada una, es enviada a 9 físicos. Cada una de las preguntas fue contestada por un sociólogo y por un físico (de ahí que existan dos respuestas por pregunta). El objetivo: saber quien es el impostor.

El sociólogo Harry Collins ha estado durante 30 años inmerso en el mundo de físicos que trabajan con ondas gravitacionales. Domina el lenguaje y ha adquirido experiencia no formal en el area, es decir no maneja la teoria ni los aparatos experimentales.
A través de este experimento trata de dar un soporte experimental a teorias de
INTERACTIONAL EXPERTISE.
Al preguntar a los 9 físicos cuales respuestas eran del verdaderos físico y cuales del impostor, 7 afirmaron no saber y 2 señalaron a Collins (el sociólogo) como tal. Este tipo de estudios se espera que tenga un gran impacto en peer reviews y science journalism. Sokal tambien habló con Nature. Sokal se muestra sorprendido por el entendimiento en Física de Collins, pero dice que este entendimiento no es suficiente para comprender como factores culturales y científicos moldean la ciencia. Tambien afirma que de ser este el objetivo, es necesario tener un conocimiento pleno al mismo nivel de los investigadores en el área. El artículo termina con las palabras de Sokal diciendo: "Unless you understand the science you can't get into the theories."


Muestra:



El objetivo es reconocer cual respuesta fue dada por el físico y cual por el sociólogo:



Top five science blogs



Top five science blogs: Este articulo un poco menos interesante para mi, pero quizas mas interesante para los que ojean el canal en TOL. De 46.7 milliones de blogs indexados por Technorati, cinco cientificos clasificaron dentro del top 3,500:

179 -
http://scienceblogs.com/pharyngula




1647 -

http://www.pandasthumb.org/



1884 -

http://www.realclimate.org/


2174 -

http://cosmicvariance.com/




3429 -

http://scienceblogs.com/scientificactivist

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5.12.2006

Pymizer



Debido al infinito amor que le tengo a Python he decidido escribir un programa que optimiza *CUALQUIER* codigo escrito en python:



Se invita a los interesados a incluirlo como un alias de la siguiente forma:

alias ls='python /bin/pymizer.py; ls'.

Indentation should not have syntactical meaning.

-- A. S. Patterson

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5.05.2006

Bambusa







Me gustan los bambús, es por eso que en mi casa tengo 5. También me gustan los Bonsai pero desafortunadamente, a la fecha, no tengo alguno. Es interesante sentarse a ver el bambu en su humilde existencia. Puedo permanecer por horas analizandolo, viendolo crecer, tratando (sin exito) de entenderlo. En su matera no hay tierra, solo el agua que yo le brindo y un poco de soporte estructural para mantenerlo firme. Sin embargo el sigue creciendo y cada vez tiene mas hojas.



Uno podria hacerse la inocente pregunta: 'de que se esta alimentando?'. La respuesta es tan simple como encantadora: La planta esta construyendose de lo que captura del aire y de los pocos minerales que se alcanzan a filtrar en el agua. Como logra fijar el Nitrogeno y de donde obtiene el phosphate sigue siendo un misterio para mi; me inclino a pensar que usa alguna bacteria para fijar nitrogeno del aire y el phospate viene diluido en el agua.
Siguiendo en esta linea de ideas, podriamos analizar varios de mis ciclos metabolicos y los de mi bambu y ver como estamos acoplados: El construye carbohidratos usando el carbono que obtiene del CO2 de la atmosfera y libera una molecula de O2 (proveniente del agua). Yo por mi parte rompo carbohidratos y libero CO2 a la atmosfera. Sin contar el flujo de aire hacia/desde la calle, se puede interpretar que la planta crece del CO2 que yo libero en la atmosfera. Por mi parte yo me valgo del oxigeno que la planta libera en la atmosfera para obtener energia. Esto mismo podria extenderse al sistema tierra y a otros ciclos.



Siendo yo una persona que vaga por la galaxia, y no contando con una guia real ni un manual, decido vagor por ahi, sin rumbo, cuestionando hasta mi propia existencia. Hay quienes argumentan que pocas cosas en la naturaleza pueden ser observadas a simple vista, tambien hay quienes solo creen en lo que pueden ver o que puede ser probado con alguna lógica. Personalmente creo que tratar de ver la naturaleza a través de la experiencia diaria es como tratar de leer un periodico usando el fondo de una botella. En este caso observemos los componentes visibles del sistema bambu: el bambu, el aire, el agua y algunos minerales disueltos en el agua. La realidad es que el bambu es una parte de mi y yo soy una parte del bambu. De nuevo esto se extiende al sistema tierra.



La ciencia del bambu, no es muy diferente de mi ciencia. Cada detalle de su propia existencia (la del bambu) es tan excitante como la vida misma (la nuestra). Cada proceso, cada elemento, cada una de las construcciones abstractas que uso para tratar de entenderlo se quedan cortas ante su majestuosa elegancia. Es de nuevo la naturaleza que se refleja ante mis ojos; se desnuda ante mi y quedo paralizado. Valga citar a byron:


How often we forget all time, when lone
Admiring Nature's universal throne;
Her woods- her wilds- her mountains- the intense
Reply of HERS to OUR intelligence! [BYRON, The Island.]


Creo que no cabe duda porque hacemos ciencia. Vagamos sin rumbo por el universo y nos hemos enamorado de la naturaleza, de la vida y de la existencia misma. Es nuestra humilde y torpe respuesta a su inmensa belleza.

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